Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- project:rendo:start [2025/04/04 06:01] – magn3zy
+++ project:rendo:start [2025/04/09 19:26] (current) – magn3zy
@@ Line 4: / Line 4: @@
 {{template>:project:infobox|
 name=Rendo|
-image=:rendo:img_6194.jpg?400
+image=:rendo:img_6194.jpg?400|
-founder=[[user:magn3zy]]|
+founder= [[user:magn3zy]]|
 interested=[[user:sumie-dh]],[[user:sachy]],[[user:joe]]|
 sw=FIXME|
@@ Line 97: / Line 97: @@
 Výsledky štěpení PCR produktů navrhnutými endonukleázami byly analyzovány pomocí gelové elektroforézy. Zjištěná variabilita byla ověřena porovnáním vzniklých fragmentů s 100bp DNA Ladderem (GDSBio, China) umožňující ověření softwarem předpovězených výsledků restrikční analýzy.
+===== Výsledky =====
+==== Tvorba softwaru ====
+=== RENDOSim ===
+Uživatelské rozhraní této dílčí aplikace je zobrazeno na obrázku níže. Uživatel může nahrát sekvenci ve formátu fasta ze svého zařízení. Dále si z nabídky může vybrat jednu z restrikčních endonukláz. V nabídce jsou rozděleny na endonukleázy tvořící tupé nebo lepivé konce a seřazeny jsou abecedně pro rychlé vyhledání konkrétní restrikční endonukleázy.
+{{ :project:rendo:rendosim.png}}
+Po nahrání vlákna a zvolení endonukleázy započne analýza sekvence stlačením tlačítka „Cut“ a lineárně je vlákno prohledáno na rozpoznávací sekvenci zvolené restrikční endonukleázy. V případě nalezení sekvence je vlákno rozřezáno dle pozice řezu pro vybranou endonukleázu a výsledky jsou zobrazeny uživateli. Pokud nedojde k nalezení rozpoznávací sekvence je uživateli zobrazeno pouze původní vlákno. Před dalším vyhledáváním je doporučeno si uživatelské rozhraní zresetovat pomocí tlačítka „Clear“, ale není to nutné je možné pouze změnit vybranou restrikční endonukleázu, či změnit nahraný fasta soubor a analyzovat jiný soubor stejnou endonukleázou.
+=== RENDOVar ===
+Dílčí aplikace RENDOVar a její uživatelské rozhraní je zobrazeno na obrázku níže. Tato aplikace je určená pro rozlišení známých variant jednotlivých genomických úseků, klonů či geneticky modifikovaných organismů. Zde není zohledňována variabilita, kromě té kterou softwaru ve formátu fasta souborů poskytnete. Po nahrání libovolného počtu fasta souborů tlačítkem „Analyze“ započnete analýzu. V okně s výsledky se zobrazí všechny restikční endonukleázy nabízející rozlišení jednotlivých variant. Seřazeny jsou dle vzniklého poměrového počtu fragmentů od nejlépe rozlišitelných možností po ty hůře rozlišitelné.
+{{ :project:rendo:rendovar.png}}
+=== RENDOVarPro ===
+Nejdůležitější dílčí aplikací je aplikace RENDOVarPro. Zohledňující variabilitu z konkrétní referenční verze genomu a také variabilitu z dalších dostupných sekvenačních dat z GenBank. Uživatel zadá úsek který by pomocí PCR amplifikoval, název organismu, referenční verzi genomu, pozici indelu či SNV kterou chce analyzovat. Důležité je analyzované pozice zadávat s ohledem na referenční verzi genomu dle, které se pracuje pro stáhnutí správných a relevantních souborů. Pro přesnější analýzu je třeba zadat také číslo chromozomu. Dále musí uživatel zadat svůj email, tento email není nijak uchováván, slouží pouze jako parametr požadavku pro NCBI Entrez API, která dle emailu zajišťuje kontrolu dodržení počtu požadavků.
+Po vyplnění těchto údajů začne analýza nejprve stažením z NCBI databáze pomocí Entrez API referenční sekvence, dále jsou z EVA databáze staženy data o variabilitě zadaného úseku. Z těchto dat je poté vytvořen vcf soubor a také referenční sekvence zahrnující variabilitu z referenční verze genomu. Současně s tvorbou vcf souboru probíhá stažení relevantních dat z GenBank, alignment a vytvoření druhého vcf souboru. Tyto dva vcf soubory jsou následně spojeny a vytvořen je finální obsahující veškeré dostupné data o variabilitě v tomto úseku. Poté probíhá návrh vhodných restrikčních endonukleáz k analýze SNV. Uživatelské rozhraní RENDOVarPro aplikace je zobrazeno na obrázku níže. Samotná analýza probíhá různě dlouhou dobu. Způsobeno je to nutností limitovat počet požadavků v určitém časovém úseku pro využívané databáze. Pro úseky o délce do 600bp probíhá analýza do dvou minut. Pokud pro zjištění konkrétní variability neexistuje vhodný enzym je v poli pro výsledky zobrazeno hlášení „No enzymes found“.
+{{ :project:rendo:rendovarpro.png}}
+RENDOVarPro je však ještě stále vylepšována, nejdůležitějším úkolem je vytvoření vizualizace výsledků na gelu při štěpení konkrétním enzymem pro všechny varianty a rozšíření této dílčí aplikace o jistý manuální a polomanuální mód umožňující uživatelům více zasahovat do nastavení a parametrů hledání vhodných restrikčních endonukleáz. Po pilotních testech softwaru bude tento software celý dostupný na GitHub jako veřejný opensource nástroj.
+===== Licence =====
+Copyright © Eliška Korbová 2025
+Tento software a jeho dokumentace jsou chráněny autorským právem. Všechna práva vyhrazena.
+Tento projekt je ve fázi vývoje a není určen k veřejnému použití. Jakékoli šíření, kopírování, úpravy, prezentace nebo použití tohoto softwaru (ani jeho částí) bez výslovného písemného souhlasu autora jsou zakázány.
+Použití v akademických, výukových, komerčních i nekomerčních kontextech je momentálně nedovoleno.
+Autor si vyhrazuje právo změnit podmínky šíření, konkrétně zveřejněním projektu na GitHub přejde projekt pod licenci Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0).
+Kontakt: eliskakorbova@gmail.com
+Copyright © Eliška Korbová 2025
+This software and its documentation are protected by copyright. All rights reserved.
+This project is currently under development and is not intended for public use. Any distribution, copying, modification, presentation, or use of this software (or any part thereof) without the express written consent of the author is strictly prohibited.
+Use in academic, educational, commercial, or non-commercial contexts is currently not permitted.
+The author reserves the right to change the terms of distribution. Specifically, upon publication of the project on GitHub, the project will be released under the Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0) license.
+Contact: eliskakorbova@gmail.com
+== Vysvětlivky ==
+Tento projekt se nachází ve vývojové fázi, a proto v současnosti není určen k distribuci ani veřejnému využití. Po úspěšném dokončení pilotních laboratorních testů bude plánováno jeho zveřejnění jako open-source nástroj určený pro nekomerční použití.
+Autor tímto krokem chrání původní nápad a zároveň si ponechává možnost využití výsledků projektu v rámci akademických prací. Oddálením veřejného zpřístupnění je také zajištěna vyšší spolehlivost softwaru při jeho budoucím použití.
+This project is currently in the development phase and is therefore not intended for distribution or public use. After successful completion of initial laboratory testing, it is planned to be released as an open-source tool for non-commercial use.
+This approach protects the original idea and allows the author to potentially use the project results in academic work. Delaying public availability also helps ensure greater software reliability upon future deployment.
+===== Použité nástroje =====
+MAFFT – Multiple Sequence Alignment Tool. MAFFT je dostupný pod BSD licencí. Více informací: https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
+Citace: Katoh K, Standley DM. MAFFT Multiple Sequence Alignment Software Version 7: Improvements in Performance and Usability. Molecular Biology and Evolution, 2013.