User Tools

Site Tools


project:rendo:start

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
project:rendo:start [2025/04/09 19:26] magn3zyproject:rendo:start [2025/05/13 13:55] (current) – První výsledek testování softwaru magn3zy
Line 125: Line 125:
  
 RENDOVarPro je však ještě stále vylepšována, nejdůležitějším úkolem je vytvoření vizualizace výsledků na gelu při štěpení konkrétním enzymem pro všechny varianty a rozšíření této dílčí aplikace o jistý manuální a polomanuální mód umožňující uživatelům více zasahovat do nastavení a parametrů hledání vhodných restrikčních endonukleáz. Po pilotních testech softwaru bude tento software celý dostupný na GitHub jako veřejný opensource nástroj. RENDOVarPro je však ještě stále vylepšována, nejdůležitějším úkolem je vytvoření vizualizace výsledků na gelu při štěpení konkrétním enzymem pro všechny varianty a rozšíření této dílčí aplikace o jistý manuální a polomanuální mód umožňující uživatelům více zasahovat do nastavení a parametrů hledání vhodných restrikčních endonukleáz. Po pilotních testech softwaru bude tento software celý dostupný na GitHub jako veřejný opensource nástroj.
 +
 +==== Restrikční analýza ====
 +
 +=== Arabidopsis thaliana ===
 +
 +Softwarem RENDOVarPro byly navrhnuty vhodné restrikční enzymy pro analýzu konkrétních SNV, jednotlivé úseky genů uvedených a štepených na obrázku byly tímto enzymem štěpeny dle metodiky.
 +
 +{{ :project:rendo:13_5_2025_combined_for_article.jpg?600 |}}
  
 ===== Licence ===== ===== Licence =====
Line 134: Line 142:
 Tento projekt je ve fázi vývoje a není určen k veřejnému použití. Jakékoli šíření, kopírování, úpravy, prezentace nebo použití tohoto softwaru (ani jeho částí) bez výslovného písemného souhlasu autora jsou zakázány. Tento projekt je ve fázi vývoje a není určen k veřejnému použití. Jakékoli šíření, kopírování, úpravy, prezentace nebo použití tohoto softwaru (ani jeho částí) bez výslovného písemného souhlasu autora jsou zakázány.
  
-Použití v akademických, výukových, komerčních i nekomerčních kontextech je momentálně nedovoleno.+Použití v akademických, výukových, komerčních i nekomerčních kontextech není momentálně dovoleno.
  
 Autor si vyhrazuje právo změnit podmínky šíření, konkrétně zveřejněním projektu na GitHub přejde projekt pod licenci Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0). Autor si vyhrazuje právo změnit podmínky šíření, konkrétně zveřejněním projektu na GitHub přejde projekt pod licenci Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0).
Line 170: Line 178:
  
 Citace: Katoh K, Standley DM. MAFFT Multiple Sequence Alignment Software Version 7: Improvements in Performance and Usability. Molecular Biology and Evolution, 2013. Citace: Katoh K, Standley DM. MAFFT Multiple Sequence Alignment Software Version 7: Improvements in Performance and Usability. Molecular Biology and Evolution, 2013.
 +
 +===== Poděkování =====
 +
 +Ráda bych poděkovala zaměstnancům Katedry genetiky a šlechtění ČZU za možnost využívání jejich laboratoře a přístrojového vybavení, které zde není dostupné (spektrofotometr pro mikrolitrové objemy, restrikční endonukleázy).
  
  
project/rendo/start.txt · Last modified: 2025/05/13 13:55 by magn3zy