<html><body>Ahoj, mozna trochu trolovaci, ale vazne mineny dotaz:<br>kdyz mame primery, jsou i secundery, tercery, ...?<br><br>sachy<br>                                                         <br><br><p>---------- Původní zpráva ----------<br>Od: Jakub Friedl <jakub.friedl@gmail.com><br>Datum: 26. 9. 2013<br>Předmět: Re: [Brmlab] Biolab: PCR Primery RFC</p><br><blockquote><div><div><br><div><div>2013/9/26 Petr Baudis <span><<a href="mailto:pasky@ucw.cz">pasky@ucw.cz</a>></span><br><blockquote style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


  Ahoj!<br>
<div><br>
On Thu, Sep 26, 2013 at 01:40:15AM +0200, Jakub Friedl wrote:<br>
> v rámci aktuálního biolab grantu je nějaká částka (přesně ví bluebear)<br>
> vyhrazená pro nákup primerů pro PCR.<br>
><br>
> Bylo by fajn, aby jsme se zamysleli nad tím, jaké primery objednáme (grant<br>
> by se měl vyúčtovat do 3 měsíců) - a pokud není sekvence dostupná v<br>
> literatuře, primery navrhnout.<br>
<br>
</div>  Mozna by bylo dobre upresnit, k cemu jsou takove primery dobre. Sam<br>
tomu moc nerozumim, laicky bych to mozna rekl (doufam ze priblizne<br>
spravne) tak, ze primery jsou male kousky DNA, ktere se matchuji na DNA,<br>
kterou analyzujeme, a tak urcuji, jake casti DNA pak vizualne uvidime v<br>
podobe carek na elektroforeze.  Zajimaji nas tedy takove kusy DNA, ktere<br>
se lisi podle toho, jestli obsahuji featuru, ktera nas pri analyze<br>
zajima (pritomnost geneticke vady, druhovy puvod, ...) a podle toho<br>
musime primery vybrat.  Poradneho vysvetleni toho procesu se jiste<br>
dockate od chido na hackathonu v sobotu. :)<br>
<div><br></div></blockquote><div>no ten mail byl spíš adresovát těm, co to vědí :) nevím, zda se někdo čerstvě obeznámený</div><div>s teorií pustí do plánování experimentů a grantu (tím nechci nikoho odrazovat), bych spíš čekal,</div>


<div>že si to nechá nejdříve předvést</div><div> </div><blockquote style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>
> Pak by myslím bylo fajn mít kromě specifických primerů něco univerzálního,<br>
> nejspíše nějaké zavedené sekvence používané na barcoding. I když si myslím,<br>
> že produkt vhodný k sekvenaci se nám jen tak nepovede.<br>
<br>
</div>  Co je to barcoding?<br>
<span><font color="#888888"><br></font></span></blockquote><div>s pouzitim vicemene univerzalnich primeru (navrzenych pro cele velke skupiny organismu)</div><div>a porovnanim sekvence s databazi můžeš identifikovat jinak těžko rozpoznatelné druhy</div>

<div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>K</div></div></div></div>
</div>_______________________________________________<br>Brmlab mailing list<br>Brmlab@brmlab.cz<br>http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/brmlab</blockquote></body></html>