[Brmlab] Biolab: PCR Primery RFC

cored.coder at gmail.com cored.coder at gmail.com
Thu Sep 26 13:37:56 CEST 2013


Ahoj, mozna trochu trolovaci, ale vazne mineny dotaz:
kdyz mame primery, jsou i secundery, tercery, ...?

sachy



---------- Původní zpráva ----------
Od: Jakub Friedl <jakub.friedl at gmail.com>
Datum: 26. 9. 2013
Předmět: Re: [Brmlab] Biolab: PCR Primery RFC

"




2013/9/26 Petr Baudis <pasky at ucw.cz(mailto:pasky at ucw.cz)>
"   Ahoj!


On Thu, Sep 26, 2013 at 01:40:15AM +0200, Jakub Friedl wrote:
> v rámci aktuálního biolab grantu je nějaká částka (přesně ví bluebear)
> vyhrazená pro nákup primerů pro PCR.
>
> Bylo by fajn, aby jsme se zamysleli nad tím, jaké primery objednáme (grant
> by se měl vyúčtovat do 3 měsíců) - a pokud není sekvence dostupná v
> literatuře, primery navrhnout.


  Mozna by bylo dobre upresnit, k cemu jsou takove primery dobre. Sam
tomu moc nerozumim, laicky bych to mozna rekl (doufam ze priblizne
spravne) tak, ze primery jsou male kousky DNA, ktere se matchuji na DNA,
kterou analyzujeme, a tak urcuji, jake casti DNA pak vizualne uvidime v
podobe carek na elektroforeze.  Zajimaji nas tedy takove kusy DNA, ktere
se lisi podle toho, jestli obsahuji featuru, ktera nas pri analyze
zajima (pritomnost geneticke vady, druhovy puvod, ...) a podle toho
musime primery vybrat.  Poradneho vysvetleni toho procesu se jiste
dockate od chido na hackathonu v sobotu. :)



"
no ten mail byl spíš adresovát těm, co to vědí :) nevím, zda se někdo 
čerstvě obeznámený

s teorií pustí do plánování experimentů a grantu (tím nechci nikoho 
odrazovat), bych spíš čekal,

že si to nechá nejdříve předvést

 
"
 > Pak by myslím bylo fajn mít kromě specifických primerů něco 
univerzálního,
> nejspíše nějaké zavedené sekvence používané na barcoding. I když si 
myslím,
> že produkt vhodný k sekvenaci se nám jen tak nepovede.


  Co je to barcoding?

"
s pouzitim vicemene univerzalnich primeru (navrzenych pro cele velke skupiny
organismu)

a porovnanim sekvence s databazi můžeš identifikovat jinak těžko 
rozpoznatelné druhy










K




_______________________________________________
Brmlab mailing list
Brmlab at brmlab.cz
http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/brmlab"
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://brmlab.cz/pipermail/brmlab/attachments/20130926/d186c0d2/attachment.html>


More information about the Brmlab mailing list