[Brmlab] Biolab: PCR Primery RFC

Jakub Friedl jakub.friedl at gmail.com
Thu Sep 26 13:30:03 CEST 2013


2013/9/26 Petr Baudis <pasky at ucw.cz>

>   Ahoj!
>
> On Thu, Sep 26, 2013 at 01:40:15AM +0200, Jakub Friedl wrote:
> > v rámci aktuálního biolab grantu je nějaká částka (přesně ví bluebear)
> > vyhrazená pro nákup primerů pro PCR.
> >
> > Bylo by fajn, aby jsme se zamysleli nad tím, jaké primery objednáme
> (grant
> > by se měl vyúčtovat do 3 měsíců) - a pokud není sekvence dostupná v
> > literatuře, primery navrhnout.
>
>   Mozna by bylo dobre upresnit, k cemu jsou takove primery dobre. Sam
> tomu moc nerozumim, laicky bych to mozna rekl (doufam ze priblizne
> spravne) tak, ze primery jsou male kousky DNA, ktere se matchuji na DNA,
> kterou analyzujeme, a tak urcuji, jake casti DNA pak vizualne uvidime v
> podobe carek na elektroforeze.  Zajimaji nas tedy takove kusy DNA, ktere
> se lisi podle toho, jestli obsahuji featuru, ktera nas pri analyze
> zajima (pritomnost geneticke vady, druhovy puvod, ...) a podle toho
> musime primery vybrat.  Poradneho vysvetleni toho procesu se jiste
> dockate od chido na hackathonu v sobotu. :)
>
> no ten mail byl spíš adresovát těm, co to vědí :) nevím, zda se někdo
čerstvě obeznámený
s teorií pustí do plánování experimentů a grantu (tím nechci nikoho
odrazovat), bych spíš čekal,
že si to nechá nejdříve předvést


> > Pak by myslím bylo fajn mít kromě specifických primerů něco
> univerzálního,
> > nejspíše nějaké zavedené sekvence používané na barcoding. I když si
> myslím,
> > že produkt vhodný k sekvenaci se nám jen tak nepovede.
>
>   Co je to barcoding?
>
> s pouzitim vicemene univerzalnich primeru (navrzenych pro cele velke
skupiny organismu)
a porovnanim sekvence s databazi můžeš identifikovat jinak těžko
rozpoznatelné druhy



K
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://brmlab.cz/pipermail/brmlab/attachments/20130926/f347dca3/attachment.html>


More information about the Brmlab mailing list